Stefan Moses wurde 1928 in Liegnitz (Schlesien) geboren und trat 1943 in ein Breslauer Fotogeschäft als Aushilfe ein. 1944 wurde er im Lager Ostlinde, dann im Lager Grünberg interniert, von wo er im Februar 1945 fliehen konnte. Nach Kriegsende setzte er seine Lehre bei der Fotografin Grete Bodlée in Erfurt fort. Von 1947 bis 1950 war er als Theaterfotograf am Weimarer Nationaltheater tätig; anschließend zog er nach München, um dort als Fotojournalist zu arbeiten. Bekanntheit erlangte Moses durch seine Reportagen für den Stern, die Neue Zeitung und für Magnum, vor allem aber auch durch seine Fotobücher Manuel (1967), Transibirische Eisenbahn (1979), Deutsche. Porträts der Sechziger Jahre (1980) und Abschied und Anfang. Ostdeutsche Porträts (1991).
Bei NIMBUS erschien zuletzt Deutschlands Emigranten (2013) und Le Moment fugitiv (zusammen mit Alexander Kluge, 2014).

Für sein fotografisches Werk erhielt Moses die David­-Octavius­-Hill­-Medaille (1990), den Kulturellen Ehrenpreis der Landeshauptstadt München (1991), den Ehrenpreis der Stankowski­-Stiftung (2001), das Bundesverdienstkreuz 1. Klasse (2004) und den Lovis­Corinth­-Preis (2014). Seit 1994 ist er Mitglied der Bayerischen Akademie der Schönen Künste. Stefan Moses lebt in München.