Der Czernin Verlag wurde im Jahr 1999 von dem nur sieben Jahre später verstorbenen österreichischen Journalisten und Autor Hubertus Czernin gegründet. Im Frühjahr 2004 haben Benedikt Föger und Klaus Gadermaier den Verlag als geschäftsführende Gesellschafter übernommen, seit 2008 leitet Benedikt Föger das Unternehmen alleine.

Der Verlag publiziert seit seinem Bestehen Sachbücher, seit 2005 vermehrt auch Literatur.

Sowohl die wirtschaftlichen als auch die programmbezogenen Leistungen des Czernin Verlags fanden und finden öffentliche und mediale Anerkennung, zum Beispiel mit der Verleihung des Bruno-Kreisky-Preises für verlegerische Leistungen im Jahr 2004. Von 2009 bis 2012 war Benedikt Föger der Vorsitzende des Österreichischen Verlegerverbands und Vizepräsident des Hauptverbands des Österreichischen Buchhandels, seit 2013 ist er Präsident des Hauptverbandes des Österreichischen Buchhandels.

Das Verlagskonzept ist seit seiner Gründung inhaltlich von dem Gedanken getragen, auf Basis der österreichischen Kultur- und Geistesgeschichte für "unbequeme" Themen zu sensibilisieren, den kritischen Diskurs innerhalb der Gesellschaft zu fördern und so das demokratische Prinzip zu unterstützen. Der Verlag versteht sich als Verlag seiner Autorinnen und Autoren, die großteils aus den Bereichen der Publizistik, Wissenschaft und Kunst kommen.

Diesem traditionellen Anspruch verpflichtet, versteht es der Verlag gleichzeitig, neue literarische Trends aufzuspüren und der jungen intellektuellen Szene eine Plattform zu bieten.

Eine Stärke des Verlags ist die Fähigkeit, Bücher zu aktuellen Themen in relativ kurzer Zeit publizieren zu können. Oft handelt es sich um Themen, die wenige aufgreifen, die aber eine wichtige Grundlage der österreichischen Diskussionskultur darstellen.