Der Merlin Verlag, 1957 von Andreas J. Meyer zunächst als Theaterverlag in Hamburg gegründet, trägt den Namen des keltischen Zauberers mit Bedacht. Von ihm heißt es, er sei aus der Verbindung des Teufels mit einer Königstochter hervorgegangen. Die magischen Kräfte des Satans stellte Merlin in den Dienst der von der Mutter ererbten Tugenden. Für den Verlag bedeutet das "die Verpflichtung für ein Programm, das der Literatur und Kunst die spirituelle Bewältigung der Not der Existenz zum Thema stellt." In diesem Sinne bemüht sich der Merlin Verlag, einer allein am materiellen Erfolg orientierten Spezialisierung der Verlagsprogramme ein universelleres Selbstverständnis entgegenzusetzen. Die Schwerpunkte des Merlin-Programms liegen seit jeher auf den Gebieten Theater, Buch und Kunst. Mit Autoren wie Jean Genet, Marquis de Sade, Georges Bataille, Jens Bjørneboe, Gerard Reve, Horst Janssen, den Rixdorfern, L.-F. Céline, Janosch, Johannes Grützke, Olivier Py, Marie NDiaye, Boualem Sansal und Joël Pommerat gelang und gelingt es dem Verlag immer wieder, durch ebenso bedeutsame wie kontroverse Veröffentlichungen auf sich aufmerksam zu machen und die literarische Landschaft in Deutschland mitzugestalten.

So löste die Veröffentlichung des ersten Romans von Jean Genet, Notre-Dame-des-Fleurs 1960 sogleich eine Anklage wegen des Vorwurfs der Verbreitung unzüchtiger Schriften aus. Der sich daraus ergebende Prozess am Landgericht Hamburg endete im Jahr 1962 mit einem Freispruch des Buches und bewirkte die weitgehende Liberalisierung der literarischen Zensur in Deutschland.

1987 wurde ausgehend von der engen Zusammenarbeit von Merlin mit und auf Anregung von Janosch der Kinderbuchverlag Little Tiger als eigenständiger Schwesterverlag gegründet, der gemeinsam mit Janosch Postkarten, Poster und Kalender, später auch Bücher entwickelte und im deutschen Buchhandel etablierte.

Im Jahr 1997 leitete Andreas J. Meyer den "Übergang in die nächste Generation" ein, der mit Meyers Rückzug aus dem operativen Geschäft im Jahr 2005 abgeschlossen wurde. Der Merlin Verlag wird seither von der Tochter des Verlagsgründers, Dr. Katharina Eleonore Meyer, geführt, unterstützt von einem kleinen engagierten Team. Seit 2002 erscheinen im Merlin Verlag auch die Bücher des algerischen Autors Boualem Sansal, der 2011 vom Börsenverein des Deutschen Buchhandels mit dem Friedenspreis in der Frankfurter Paulskirche ausgezeichnet wurde.

Merlin gehört zu den am längsten existierenden unabhängigen deutschen Verlagen. In Anerkennung seiner anspruchsvollen Ziele und langjährigen Arbeit erhielt der Merlin Verlag im Jahr 1984 den ersten von der Wochenzeitung Die Zeit ausgesetzten Preis für kleinere Verlage. Im Jahr 2000 erhielt der Verlag, der seit 1980 seinen Sitz in Gifkendorf bei Lüneburg hat, den Niedersächsischen Verlagspreis. 2020 wurde der Merlin Verlag mit dem Deutschen Verlagspreis ausgezeichnet. Verlagsgründer Andreas J. Meyer wurde 2019 für sein Lebenswerk mit dem Kurt-Wolff-Preis ausgezeichnet.