Im Jahr 1937 gründete Otto Müller den gleichnamigen Verlag in Salzburg. Mit zahlreichen Publikationen aus dem Bereich der Theologie, mit Autoren wie Paul Claudel, Josef Leitgeb und vor allem mit dem Erwerb der Rechte am Werk Georg Trakls im Jahr 1938 werden bereits in den ersten Jahren die Grundzüge des Programmes etabliert, dessen Leitgedanke neben der Veröffentlichung von schöner Literatur die Vermittlung von theologischem und geisteswissenschaftlichem Gedankengut ist. Im Dezember 1939 wird Otto Müller wegen Unvereinbarkeit der Verlagsarbeit mit dem nationalsozialistischen Regime verhaftet, 1941 kommt es zu einem Zwangsverkauf.

Im Jahr 1946 nimmt Otto Müller die Verlagstätigkeit wieder auf: Karl Heinrich Waggerl, Josef Weinheber, Giovanni Guareschi, Christine Busta, Christine Lavant oder Gerhard Fritsch und H.C. Artmann sind nur einige der vielen namhaften Autoren, deren Werke im Otto Müller Verlag seitdem veröffentlicht wurden, ebenso wie die kritische Gesamtausgabe der Werke Hildegard von Bingens für den theologischen Programmbereich des Verlags.

Auch nach dem sehr frühen Tod von Otto Müller im Jahr 1956 blieb der Verlag im Besitz der Familie und wird heute von Arno Kleibel, einem Enkel Otto Müllers, geleitet. Seit einigen Jahren wird der Bereich der "künstlerischen Fotografie" gepflegt, der neben der Zeitschrift "Literatur und Kritik", die seit 1991 von Karl-Markus Gauß herausgegeben wird, einen weiteren Programmschwerpunkt bildet.