Die Erneuerung der Literatur kommt aus den Peripherien. Ausgehend von diesen Einsichten gründeten Angelika Andruchowicz, Manfred Metzner und Hans Thill im Jahr 1978 in Heidelberg den Verlag. Seither bietet Wunderhorn ein anspruchvolles Programm mit den Schwerpunkten deutsche und internationale Poesie, deutschsprachige und frankophone Literatur, Sachbuch, Kunst, Fotografie.

Das Verlagsprogramm umfaßt Buchreihen ("Edition Künstlerhaus", "Deutsche Reise nach Plovdiv", "Poesie der Nachbarn", "VERSschmuggel"), Künstlerbücher, Design (Bruno Munari), Ausstellungsaktivitäten (Pierre Verger, Ré Soupault), Kooperationen mit Museen (Museum Prinzhorn, Museum Ritter, Kurpfälzisches Museum Heidelberg), Kunstvereinen (Heidelberg, Mannheim, Ludwigshafen, Stuttgart) und dem Theater Heidelberg, literarische Aktivitäten (Heidelberger Literaturtage, Poesie der Nachbarn, Künstlerhaus Edenkoben), internationale Kooperationen (Frankreich, Québec, Bulgarien, Indien, Italien) und Koproduktionen (Bulgarien, Irland, Spanien, Italien, Kanada, Québec, Brasilien, Portugal) sowie die Kooperation mit dem Dokumentations- und Kulturzentrum Deutscher Sinti und Roma.

Einen besonderen Platz im Verlagsprogramm haben die Werkausgabe des französischen Surrealisten Philippe Soupault und das fotografische Werk von Ré Soupault. Ein wichtiger Schwerpunkt liegt auf der Erforschung des Nationalsozialismus am Beispiel Heidelbergs und seiner Universität (Emil Julius Gumbel, Medizin im Nationalsozialismus, Jüdisches Leben in Heidelberg). Dem literarischen und kulturellen Leben Heidelbergs spürt der Verlag mit Michael Buselmeiers "Literarischen Führungen" nach. Mit dem Deutschlandfunk-Lyrikkalender und zahlreichen Anthologien ist der Verlag einer der profiliertesten Verlage für Poesie in Deutschland. Im interkulturellen Dialog setzt Wunderhorn seit Jahren mit Édouard Glissant (Kultur und Identität) und Abdelwahab Meddeb (Die Krankheit des Islam, Zwischen Europa und Islam) besondere Akzente. Im März 2010 startet die neue Buchreihe "AfrikAWunderhorn" mit zeitgenössischer afrikanischer Literatur, in der pro Jahr zwei bis drei Titel erscheinen.